MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Lawsonia intracellularis N343 plasmid 1

Total Repeats: 630

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020128	AAT	2	6	386	391	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556481
2	NC_020128	ATTA	2	8	457	464	50 %	50 %	0 %	0 %	442556481
3	NC_020128	T	6	6	491	496	0 %	100 %	0 %	0 %	442556481
4	NC_020128	TAC	2	6	511	516	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556481
5	NC_020128	ATG	2	6	537	542	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556481
6	NC_020128	TGTTA	2	10	546	555	20 %	60 %	20 %	0 %	442556481
7	NC_020128	A	6	6	566	571	100 %	0 %	0 %	0 %	442556481
8	NC_020128	AAT	2	6	592	597	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556481
9	NC_020128	T	7	7	664	670	0 %	100 %	0 %	0 %	442556481
10	NC_020128	AT	3	6	733	738	50 %	50 %	0 %	0 %	442556481
11	NC_020128	TTA	2	6	832	837	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556481
12	NC_020128	CCT	2	6	851	856	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	442556481
13	NC_020128	TGA	2	6	862	867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556481
14	NC_020128	CAC	2	6	891	896	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	442556481
15	NC_020128	TTAG	2	8	902	909	25 %	50 %	25 %	0 %	442556481
16	NC_020128	GTG	2	6	996	1001	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	442556481
17	NC_020128	A	8	8	1022	1029	100 %	0 %	0 %	0 %	442556481
18	NC_020128	T	8	8	1078	1085	0 %	100 %	0 %	0 %	442556481
19	NC_020128	GAA	2	6	1097	1102	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556481
20	NC_020128	TTA	2	6	1128	1133	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556481
21	NC_020128	A	6	6	1186	1191	100 %	0 %	0 %	0 %	442556481
22	NC_020128	TCG	2	6	1204	1209	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	442556481
23	NC_020128	ATT	2	6	1288	1293	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556481
24	NC_020128	TTC	2	6	1300	1305	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556481
25	NC_020128	AGA	2	6	1350	1355	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556481
26	NC_020128	CTTC	2	8	1373	1380	0 %	50 %	0 %	50 %	442556481
27	NC_020128	AT	3	6	1657	1662	50 %	50 %	0 %	0 %	442556482
28	NC_020128	TAT	2	6	1696	1701	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556482
29	NC_020128	TTATA	2	10	1813	1822	40 %	60 %	0 %	0 %	442556482
30	NC_020128	T	6	6	1855	1860	0 %	100 %	0 %	0 %	442556482
31	NC_020128	AGA	2	6	2615	2620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556483
32	NC_020128	TAT	2	6	2642	2647	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556483
33	NC_020128	TGT	2	6	2656	2661	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556483
34	NC_020128	GAA	2	6	2685	2690	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556483
35	NC_020128	AGCA	2	8	2767	2774	50 %	0 %	25 %	25 %	442556483
36	NC_020128	T	6	6	2864	2869	0 %	100 %	0 %	0 %	442556483
37	NC_020128	A	6	6	2875	2880	100 %	0 %	0 %	0 %	442556483
38	NC_020128	TCT	2	6	2917	2922	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556483
39	NC_020128	AAAT	2	8	3396	3403	75 %	25 %	0 %	0 %	442556484
40	NC_020128	GTT	2	6	3450	3455	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556484
41	NC_020128	T	6	6	3472	3477	0 %	100 %	0 %	0 %	442556484
42	NC_020128	AGA	2	6	3521	3526	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556484
43	NC_020128	TTC	2	6	3531	3536	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556484
44	NC_020128	AGC	2	6	3564	3569	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	442556484
45	NC_020128	TC	3	6	3774	3779	0 %	50 %	0 %	50 %	442556484
46	NC_020128	A	7	7	3825	3831	100 %	0 %	0 %	0 %	442556484
47	NC_020128	AGAT	2	8	3875	3882	50 %	25 %	25 %	0 %	442556484
48	NC_020128	AT	3	6	3886	3891	50 %	50 %	0 %	0 %	442556484
49	NC_020128	TC	3	6	3961	3966	0 %	50 %	0 %	50 %	442556484
50	NC_020128	CAA	2	6	3967	3972	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556484
51	NC_020128	A	6	6	4030	4035	100 %	0 %	0 %	0 %	442556484
52	NC_020128	GTAA	2	8	4045	4052	50 %	25 %	25 %	0 %	442556484
53	NC_020128	ATA	2	6	4059	4064	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
54	NC_020128	T	6	6	4065	4070	0 %	100 %	0 %	0 %	442556484
55	NC_020128	T	6	6	4078	4083	0 %	100 %	0 %	0 %	442556484
56	NC_020128	AT	3	6	4084	4089	50 %	50 %	0 %	0 %	442556484
57	NC_020128	TAAAA	2	10	4101	4110	80 %	20 %	0 %	0 %	442556484
58	NC_020128	AAT	2	6	4111	4116	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
59	NC_020128	TAC	2	6	4167	4172	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556484
60	NC_020128	ATAAC	2	10	4177	4186	60 %	20 %	0 %	20 %	442556484
61	NC_020128	T	6	6	4189	4194	0 %	100 %	0 %	0 %	442556484
62	NC_020128	ATA	2	6	4204	4209	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
63	NC_020128	A	6	6	4215	4220	100 %	0 %	0 %	0 %	442556484
64	NC_020128	ATA	2	6	4239	4244	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
65	NC_020128	AAT	2	6	4320	4325	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
66	NC_020128	GAA	2	6	4348	4353	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556484
67	NC_020128	GCA	2	6	4366	4371	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	442556484
68	NC_020128	AGAA	2	8	4374	4381	75 %	0 %	25 %	0 %	442556484
69	NC_020128	TCTT	2	8	4399	4406	0 %	75 %	0 %	25 %	442556484
70	NC_020128	TAA	2	6	4418	4423	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
71	NC_020128	TAA	2	6	4533	4538	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
72	NC_020128	AGT	2	6	4546	4551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556484
73	NC_020128	A	6	6	4552	4557	100 %	0 %	0 %	0 %	442556484
74	NC_020128	GTG	2	6	4574	4579	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	442556484
75	NC_020128	GAAG	2	8	4592	4599	50 %	0 %	50 %	0 %	442556484
76	NC_020128	TTG	2	6	4637	4642	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556484
77	NC_020128	GA	3	6	4655	4660	50 %	0 %	50 %	0 %	442556484
78	NC_020128	CAG	2	6	4697	4702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	442556484
79	NC_020128	AAT	2	6	4759	4764	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
80	NC_020128	TCTG	2	8	4768	4775	0 %	50 %	25 %	25 %	442556484
81	NC_020128	TTA	2	6	4799	4804	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556484
82	NC_020128	CAA	2	6	4820	4825	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556484
83	NC_020128	CAT	2	6	4832	4837	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556484
84	NC_020128	TAA	2	6	4866	4871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
85	NC_020128	A	6	6	4879	4884	100 %	0 %	0 %	0 %	442556484
86	NC_020128	TATTTT	2	12	4920	4931	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	442556484
87	NC_020128	T	7	7	4951	4957	0 %	100 %	0 %	0 %	442556484
88	NC_020128	TTG	2	6	4959	4964	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556484
89	NC_020128	T	6	6	4965	4970	0 %	100 %	0 %	0 %	442556484
90	NC_020128	A	7	7	4990	4996	100 %	0 %	0 %	0 %	442556484
91	NC_020128	ATA	2	6	5003	5008	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
92	NC_020128	TA	3	6	5041	5046	50 %	50 %	0 %	0 %	442556484
93	NC_020128	ATA	2	6	5053	5058	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
94	NC_020128	TATT	2	8	5086	5093	25 %	75 %	0 %	0 %	442556484
95	NC_020128	ATT	2	6	5109	5114	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556484
96	NC_020128	AGT	2	6	5115	5120	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556484
97	NC_020128	TGT	2	6	5128	5133	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556484
98	NC_020128	ATT	2	6	5151	5156	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556484
99	NC_020128	TAA	2	6	5164	5169	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556484
100	NC_020128	AAAT	2	8	5173	5180	75 %	25 %	0 %	0 %	442556484
101	NC_020128	A	6	6	5189	5194	100 %	0 %	0 %	0 %	442556484
102	NC_020128	A	7	7	5248	5254	100 %	0 %	0 %	0 %	442556484
103	NC_020128	A	7	7	5271	5277	100 %	0 %	0 %	0 %	442556484
104	NC_020128	AGA	2	6	5282	5287	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556484
105	NC_020128	ATG	2	6	5297	5302	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556484
106	NC_020128	AAAGA	2	10	5317	5326	80 %	0 %	20 %	0 %	442556484
107	NC_020128	ATT	2	6	5881	5886	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556485
108	NC_020128	TAA	2	6	5920	5925	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556485
109	NC_020128	A	7	7	5929	5935	100 %	0 %	0 %	0 %	442556485
110	NC_020128	ATT	2	6	5980	5985	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556485
111	NC_020128	A	6	6	5991	5996	100 %	0 %	0 %	0 %	442556485
112	NC_020128	A	6	6	6025	6030	100 %	0 %	0 %	0 %	442556485
113	NC_020128	T	6	6	6059	6064	0 %	100 %	0 %	0 %	442556485
114	NC_020128	AAAAG	2	10	6074	6083	80 %	0 %	20 %	0 %	442556485
115	NC_020128	AAAG	2	8	6095	6102	75 %	0 %	25 %	0 %	442556485
116	NC_020128	AAT	2	6	6129	6134	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556485
117	NC_020128	T	6	6	6146	6151	0 %	100 %	0 %	0 %	442556485
118	NC_020128	ATAA	2	8	6255	6262	75 %	25 %	0 %	0 %	442556485
119	NC_020128	T	6	6	6326	6331	0 %	100 %	0 %	0 %	442556485
120	NC_020128	AAT	2	6	6343	6348	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556485
121	NC_020128	TA	3	6	6354	6359	50 %	50 %	0 %	0 %	442556485
122	NC_020128	AAT	2	6	6402	6407	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556485
123	NC_020128	CTT	2	6	6432	6437	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556485
124	NC_020128	AT	3	6	6458	6463	50 %	50 %	0 %	0 %	442556485
125	NC_020128	TAA	2	6	6855	6860	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556486
126	NC_020128	CTA	2	6	6928	6933	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556486
127	NC_020128	TAA	2	6	6940	6945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556486
128	NC_020128	T	8	8	6955	6962	0 %	100 %	0 %	0 %	442556486
129	NC_020128	TAA	2	6	6974	6979	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556486
130	NC_020128	GTT	2	6	7017	7022	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556486
131	NC_020128	AGG	2	6	7040	7045	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	442556486
132	NC_020128	CCT	2	6	7059	7064	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	442556486
133	NC_020128	TAA	2	6	7085	7090	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556486
134	NC_020128	GTAAA	2	10	7093	7102	60 %	20 %	20 %	0 %	442556486
135	NC_020128	TATG	2	8	7114	7121	25 %	50 %	25 %	0 %	442556486
136	NC_020128	TCT	2	6	7149	7154	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556486
137	NC_020128	AGG	2	6	7165	7170	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	442556486
138	NC_020128	GTT	2	6	7184	7189	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556486
139	NC_020128	A	7	7	7239	7245	100 %	0 %	0 %	0 %	442556486
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264	NC_020128	AT	3	6	12056	12061	50 %	50 %	0 %	0 %	442556491
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269	NC_020128	A	7	7	12239	12245	100 %	0 %	0 %	0 %	442556492
270	NC_020128	TGA	2	6	12255	12260	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556492
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272	NC_020128	ATT	2	6	12299	12304	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556492
273	NC_020128	TGT	2	6	12374	12379	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556492
274	NC_020128	A	6	6	12405	12410	100 %	0 %	0 %	0 %	442556492
275	NC_020128	CTT	2	6	12418	12423	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556492
276	NC_020128	T	6	6	12422	12427	0 %	100 %	0 %	0 %	442556492
277	NC_020128	AAAG	2	8	12486	12493	75 %	0 %	25 %	0 %	442556492
278	NC_020128	ATC	2	6	12545	12550	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556492
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281	NC_020128	A	7	7	12713	12719	100 %	0 %	0 %	0 %	442556492
282	NC_020128	TG	3	6	12734	12739	0 %	50 %	50 %	0 %	442556492
283	NC_020128	AT	7	14	12773	12786	50 %	50 %	0 %	0 %	442556492
284	NC_020128	TAT	2	6	12901	12906	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556492
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287	NC_020128	AAC	2	6	13181	13186	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556493
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291	NC_020128	CTT	2	6	13373	13378	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556493
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296	NC_020128	GTT	2	6	13467	13472	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556493
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312	NC_020128	TA	3	6	14025	14030	50 %	50 %	0 %	0 %	442556494
313	NC_020128	ATA	2	6	14059	14064	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556494
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390	NC_020128	ATCC	2	8	17978	17985	25 %	25 %	0 %	50 %	442556497
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392	NC_020128	AAT	2	6	17996	18001	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556497
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395	NC_020128	AAC	2	6	18155	18160	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556497
396	NC_020128	AAC	2	6	18178	18183	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556497
397	NC_020128	ACA	2	6	18189	18194	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556497
398	NC_020128	AACA	2	8	18208	18215	75 %	0 %	0 %	25 %	442556497
399	NC_020128	A	6	6	18235	18240	100 %	0 %	0 %	0 %	442556497
400	NC_020128	TATT	2	8	18304	18311	25 %	75 %	0 %	0 %	442556497
401	NC_020128	A	6	6	18377	18382	100 %	0 %	0 %	0 %	442556497
402	NC_020128	TTC	2	6	18407	18412	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556497
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